1. 창업중소기업 (법인·소득)세액감면 제도 합리화(조특법) 창업기업을 지원하기 위해 적용기한을 2027년 12월 31일까지 3년 연장하고, 고용증가 시 적용하는 감면율을 50%에서 100%로 인상했다. 다만, 특정 기업에 감면이 과도하게 집중되지 않도록 연간 감면 한도가 5억원으로 설정됐다.
지방에 비해 창업 여건이 양호한 과밀억제권역 외의 수도권 지역에 대한 감면율을 50% 인하(일반 50%, 청년･생계형 100%→일반 25%, 청년･생계형 75%)하고, 업종 간 형평성 제고를 위해 신성장서비스업 우대 감면율(초기 3년+25%p)의 적용기한을 종료했다.
(2025.1.1. 이후 창업하는 분부터 적용)
(수도권 감면율 조정은 '26.1.1. 이후 창업하는 분부터 적용)
2. 연구･인력개발비에 대한 세액공제 확대(조특법) 중소기업이 매출액 증가 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 해당하지 아니하게 된 과세연도 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 연구･인력개발비에 대한 세액공제를 신성장･원천기술연구개발비는 25%로, 국가전략기술연구개발비는 35%로 일반 중견기업 대비 5% 상향되고, 일반연구･인력개발비는 15%에서 20%로 상향됐다.
(점감구조 도입) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우부터 적용
3. R&D 출연금에 대한 과세특례 대상범위 확대(조특법) 출연금 수령 시 익금불산입 후 지출 시 익금산입 되는 과세특례 대상에 '국가, 지방자치단체, 공공기관, 지방공기업으로부터 받은 연구개발 출연금'이 추가됐다.
4. 기술혁신형 중소기업 주식취득에 대한 세액공제 합리화(조특법) 세액공제를 피인수법인 기술가치금액의 10%에서 5%에 상당하는 금액으로 낮추고, 취득기간을 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 종료일까지(최대 2년간 분할취득 가능)에서 최초 취득일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년 이내에 끝나는 사업연도 종료일까지(최대 3년간 분할취득 가능)로 확대됐다.
(취득기간) 2025.1.1. 이후 신고하는 분부터 적용
(공제율) 2025.1.1. 이후 최초로 주식을 취득하는 분부터 적용
5. 성과공유 중소기업 경영성과급에 대한 세액공제 등의 적용기한 연장 및 재설계(조특법) 법인세 공제･소득세 감면의 적용기한을 2027년 12월 31일까지 3년 연장되고, 기업･근로자 모두 지원하는 점을 고려해 법인세 공제율은 15%에서 10%로 인하됐다.
(2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 지급하는 분부터 적용)
6. 통합투자세액공제 제도 합리화(조특법) 중소기업이 매출액 등 증가로 중견기업이 된 경우, 중소기업 졸업 후 3년간 점감구조가 도입된다. 중견기업이 유형자산 투자에 대한 세액공제 적용을 △신성장･원천기술 사업화시설 투자는 6%에서 9%로 △국가전략기술 사업화시설 투자는 15%에서 20%로 △일반 투자는 5%에서 7.5%로 상향되고 △위 3개 분류의 투자에 대한 추가공제율(당해연도 투자액-직전 3년 평균 투자액)은 일괄적으로 3%에서 10%로 상향됐다.
국가전략기술(7개 분야) 사업화시설에 투자해 기업 규모별 차등 공제율을 적용하는 기한이 3년 연장된 2027.12.31.까지 적용된다. 임대사업자가 자산을 직접 사용하지 않고 임대하는 경우 통합투자세액공제 적용이 배제된다.
(점감구조 도입) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우부터 적용
(추가공제율) 2025.1.1. 이후 개시하는 과세연도에 투자하는 분부터 적용
(임대자산 배제) 2025.1.1. 이후 처분･임대하는 분부터 적용
7. 공장･본사 지방이전기업의 감면요건 정비(조특법) 기존에는 중소기업이 수도권 과밀억제권역 밖으로 공장을 이전하는 경우 소득세 또는 법인세를 감면했으나, 앞으로는 수도권 밖 또는 수도권 인구감소지역으로 이전하는 경우에만 감면이 적용된다.
한편 '중복방지'를 위해 공장시설 및 본사를 이전하기 위해 조업 중단 및 이전등기일이 속하는 과세연도 개시일부터 소급해 10년 이내에 감면을 적용받은 기업은 대상에서 제외된다. '업종의 경우' 소득･법인세 감면을 받으려면 공장･본사 이전 전 2년(공장을 이전한 중소기업은 1년) 이상 영위한 업종과 동일한 업종을 영위해야 한다.
(2025.1.1. 이후 이전하는 분부터 적용)
(경과규정) 2024.12.31.까지 기존 공장･본사를 철거･폐쇄하는 등 이전에 착수한 경우에는 종전 규정 적용
8. 소기업･소상공인 공제부금에 대한 소득공제 한도 확대(조특법) 소기업･소상공인 공제부금에 대한 △소득공제 한도를 사업소득금액 4천만원 이하는 500만원에서 600만원으로 △사업소득금액 4000만원 초과 1억원 이하는 300만원에서 400만원으로 상향된다. 법인 대표자에 대한 소득공제 적용대상 기준이 총급여액 7000만원에서 8000만원으로 상향됐다.
(2025.1.1. 이후 납입하는 분부터 적용)
9. 성실사업자 등에 대한 의료비 등 세액공제 사후관리 합리화(조특법) 성실사업자･성실신고확인대상자에 대한 의료비･교육비･월세 세액공제의 추징요건인 과소신고 기준을 △수입･경비에서 소득금액으로 변경하고, △과소신고 범위를 성실사업자는 사업소득금액 20%, 성실신고확인대상자는 10%로 조정됐다.
(2025.1.1. 이후 개시하는 과세기간에 대한 추징사유가 발생하는 분부터 적용)
<출처 : 2024 핵심 개정세법 -한국세무사회> 
